1607年的8月，朱由栋打着去方山避暑的名头，直接停了他和南京大员们的每旬例会。一头扎进了方山实验室。

所谓方山实验室，其实就是未来科学研究院的雏形。在这里面，分为几个大类。

第一类是基础科学，负责人是利玛窦。其主要工作是编写代数、几何教材。

在穿越以前，朱由栋从小念书都跟‘学霸’两个字无缘。当他那些天资聪颖的同学玩着玩着就考上了清华北大的时候。他只能通过自己日复一日的刻苦学习才考上了一所二本医学院校。所以，深知自己并不是天才的朱由栋在爬科技树的时候是非常老实的。他会耗费相当多的时间和精力，老老实实的把基础打牢，然后再开始攀爬。

数学，并不会直接产生多少经济效益。但它是自然科学最基础的学科，朱由栋生拉硬拽的把利玛窦带到南京，就是因为中国此时在数学上的水平已经落后于西方，只有靠着外援来把这块短板补齐。

第二类是理化实验室。在玻璃制品迅速走向成熟后，特别是显微镜的使用和显微倍数的不断提高，使得这个实验室的进展极为迅速。

当然，目前方山的显微镜都是光学显微镜，限于光的波长，这一类显微镜是不可能看到原子的。但在朱由栋这个穿越者的强硬干预下，方山理化实验室直接制定出了元素周期表。并且有了简单的分子结构图。

有了这两个东西后，各种物理，特别是化学实验就有了理论指导。所以，当朱由栋来到这座实验室后，负责这个实验室的李之藻就激动的告诉他：硝酸甘油已经可以在实验室稳定生成，硝化棉也初步合成，银镜反应也可以用于大规模生产。

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